Όπως επισημαίνει η Κομισιόν, σύμφωνα με τους ελληνικούς φορολογικούς κανόνες τα πλοία με ελληνική σημαία και ορισμένα σκάφη τα οποία διαχειρίζεται η Ελλάδα εξαιρούνται από τον φόρο εισοδήματος και αντ` αυτού υπόκεινται στον απλοποιημένο και χαμηλότερο ειδικό φόρο χωρητικότητας για ναυτικές δραστηριότητες. Από την άλλη πλευρά, τα πλοία με αλλοδαπή σημαία υπόκεινται σε λιγότερο ευνοϊκό καθεστώς φόρου εισοδήματος.
Επιπλέον, η ελληνική νομοθεσία επιτρέπει εξαίρεση φόρου εισοδήματος για μερίσματα από οντότητες που χρησιμοποιούν πλοία με ελληνική σημαία, αλλά όχι για μερίσματα από εταιρείες που χρησιμοποιούν πλοία με αλλοδαπή σημαία.
Η Επιτροπή θεωρεί ότι τέτοιοι κανόνες αντίκεινται στους κανόνες της ΕΕ για την ελευθερία εγκατάστασης, την ελευθερία παροχής υπηρεσιών και την ελεύθερη κυκλοφορία κεφαλαίων.
Η σημερινή απόφαση έχει τη μορφή αιτιολογημένης γνώμης, που σημαίνει ότι εάν η Ελλάδα δεν συμμορφωθεί εντός δύο μηνών, η Επιτροπή μπορεί να παραπέμψει την υπόθεση στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο.
