Η απόφαση για αποφυλάκισή τους έπειτα και από την κατάργηση των Ειδικών Δικαστηρίων προκάλεσε σύγχυση επειδή νωρίτερα είχε προηγηθεί απόφαση άλλου δικαστηρίου, το οποίο απέρριπτε το αίτημά τους για αποφυλάκιση.
Πιο αναλυτικά, το 13ο Κακουργιοδικείο Κωνσταντινούπολης απέρριψε το αίτημα για αποφυλάκιση 35 καταδίκων ανάμεσά τους και οι τρεις και λίγο αργότερα το 21ο Κακουργιοδικείο αποφάσισε την απελευθέρωση των τριών.
Ξεκίνησε αμέσως μεγάλη συζήτηση μεταξύ των νομικών, οι οποίοι προσπαθούσαν να εξηγήσουν πως ένα δικαστήριο απορρίπτει το αίτημα για αποφυλάκιση και το άλλο αποφασίζει αποφυλάκιση.
Η απάντηση ήρθε τελικά από το Ανώτατο Συμβούλιο Δικαστών και Εισαγγελέων (HSYK), το οποίο προειδοποίησε το 13ο Κακουργιοδικείο Κωνσταντινούπολης, το οποίο δεν ήθελε να αναγνωρίσει το νόμο που ψηφίστηκε πρόσφατα από την τουρκική εθνοσυνέλευση, σύμφωνα με τον οποίο έχουν καταργηθεί τα Ειδικά Δικαστήρια.
Το 13ο Κακουργιοδικείο Κωνσταντινούπολης υποστήριξε ότι εξακολουθούσε να έχει την αρμοδιότητα επί της δίκης Εργκενεκόν και προσέφυγε στο Ανώτατο Δικαστήριο ζητώντας την κατάργηση του νόμου που ψηφίστηκε πρόσφατα.
Το HSYK ωστόσο απάντησε ότι ο νόμος έχει εγκριθεί από τον Πρόεδρο της Τουρκίας, η Βουλή έχει δικαίωμα να ιδρύει και να καταργεί δικαστήρια, πλέον το 13ο Κακουργιοδικείο είναι αναρμόδιο για την υπόθεση και επομένως η απόφασή του θεωρείται άκυρη και επιπλέον δεν έχει κανένα δικαστήριο δικαίωμα να προσφεύγει στο Ανώτατο Δικαστήριο ζητώντας κατάργηση νόμου.
