Σύμφωνα με την επίσημη ενημέρωση, οι περισσότεροι πρόσφυγες αποχωρούν χωρίς αντιρρήσεις, καθώς είχαν ενημερωθεί όλες τις προηγούμενες ημέρες ότι επίκειται επιχείρηση εκκένωσης του καταυλισμού και μεταφοράς τους σε άλλες δομές φιλοξενίας. Ο διαχωρισμός των προσφύγων ανάμεσα στις δύο εγκαταστάσεις γίνεται με βάση τη χώρα προέλευσής τους προκειμένου να υπάρξει η μεγαλύτερη δυνατή αρμονία μεταξύ όσων θα μείνουν στον κάθε χώρο. Μέχρι στιγμής στους χώρους φιλοξενίας υπάρχει η δυνατότητα διαμονής 6.500 ανθρώπων αλλά αναμένεται εντός των επομένων ημερών να ολοκληρωθούν και άλλες δομές φιλοξενίας.
Η ελληνική αστυνομία έχει αποκλείσει από τα ξημερώματα την περιοχή γύρω από τον καταυλισμό της Ειδομένης και οι δημοσιογράφοι και οι αλληλέγγυοι είχαν ειδοποιηθεί από το βράδυ της Δευτέρας να απομακρυνθούν από το χώρο, καθώς πρόσβαση έχει δοθεί μόνο σε όσους εμπλέκονται στην επιχείρηση εκκένωσης και από την άποψη της δημοσιογραφικής κάλυψης μόνο στην ΕΡΤ και στο Αθηναϊκό Πρακτορείο Ειδήσεων. Σε μικρή απόσταση από τον καταυλισμό βρίσκονται και αστυνομικές δυνάμεις, προκειμένου να επέμβουν σε περίπτωση που παραστεί ανάγκη.
Η επιχείρηση εκκένωσης, όπως ανακοινώθηκε, πραγματοποιείται ανά τομέα αρχής γενομένης από τα σημεία που είναι κοντά στον κεντρικό δρόμο, τις σκόρπιες σκηνές και θα προχωρά σταδιακά κατά μήκος της σιδηροδρομικής γραμμής μέχρι τα σύνορα. Στην επιχείρηση παίρνουν μέρος αστυνομικοί από διάφορες υπηρεσίες της Βόρειας Ελλάδας, τη Θεσσαλία, αλλά και διμοιρίες των ΜΑΤ που μετακινήθηκαν από την Αττική. Τη Δευτέρα έφθασαν στην Ειδομένη περίπου 10 διμοιρίες ενίσχυσης από την Αθήνα.