Από την Ομάδα Έργου ενοποίησης των δύο φορολογικών τμημάτων σε ένα ενιαίο οργανισμό, που θα αποκαλείται “Τμήμα Φορολογίας”, στο εργαστήρι, στο οποίο θα διδάξουν ξένοι εμπειρογνώμονες και θα διαρκέσει δύο εβδομάδες, έχει προγραμματιστεί και η συμμετοχή των βασικότερων εταίρων των φορολογικών τμημάτων, ώστε να ακουστούν και απόψεις/εισηγήσεις εκτός των τμημάτων.
Για την εναρμόνιση των λειτουργιών/διαδικασιών των δύο φορολογικών τμημάτων, η οποία διεξάγεται από τις πρώτες ημέρες έναρξης των εργασιών της Ομάδας Έργου, με τη βοήθεια ξένων εμπειρογνωμόνων και την χρήση ειδικού λογισμικού – που εξασφαλίστηκε για το σκοπό αυτό – έγινε καταγραφή της υφιστάμενης κατάστασης για όλες τις λειτουργίες/διαδικασίες των δύο τμημάτων, ως πρώτο βήμα της μελλοντικής εναρμόνισης. Μεταξύ των λειτουργιών/διαδικασιών περιλαμβάνονται η εγγραφή, η είσπραξη και ο έλεγχος.
Η νέα διευθυντική ομάδα θα αποτελείται από έναν Έφορο Φορολογίας (πενταετή θητεία) και δύο Βοηθούς Έφορους Φορολογίας (τετραετία θητεία) για να μπορέσει να αρχίσει τη λειτουργία το Τμήμα Φορολογίας την 1ην Ιουλίου 2014, με την ταυτόχρονη μετακίνηση όλου του προσωπικού των δύο φορολογικών τμημάτων κάτω από τη νέα διευθυντική ομάδα.
Οι αρμοδιότητες φορολογικής διοίκησης, που εμπίπτουν στη δικαιοδοσία του ΤΕΠ και της ΥΦΠΑ, θα συνεχίσουν να ασκούνται μέχρι το σχηματισμό του Τμήματος Φορολογίας και μέχρι να ολοκληρωθεί η μεταφορά των εξουσιών των δύο φορολογικών τμημάτων στο νέο Τμήμα.