Ανήμερα της ενθρόνισής του το 2016, ο Αρχιεπίσκοπος Χρυσόστομος Β, τάφηκε – 16 χρόνια μετά - στην κρύπτη, που ο ίδιος επέλεξε όντας εν ζωή, με την Ιερά Σύνοδο σύσσωμη, τα τρία του αδέρφια, Δημήτρη, Αντώνη και Μαρούλα κι άλλους συγγενείς και ιερωμένους, να τον συνοδεύουν για τον ύστατο αποχαιρετισμό.
Η καμπάνα του Καθεδρικού Ναού Αποστόλου Βαρνάβα χτύπησε πένθιμα όταν στρατονόμοι σήκωσαν το φέρετρο προς την έξοδο από τον ναό. Η φιλαρμονική ορχήστρα της Αστυνομίας παιάνιζε τον εθνικό ύμνο και αγήματα των σωμάτων της Εθνικής Φρουράς παρατάχθηκαν έξω από τον Ναό, όταν το φέρετρο με τον Αρχιεπίσκοπο εξήλθε της εκκλησίας. Η πομπή ακολούθησε ημιπεριμετρική διαδρομή και από τον υπόγειο χώρο στάθμευσης μπήκε στον ειδικό χώρο όπου έγινε η ταφή.
Την ώρα της ταφής, άγημα του στρατού έριξε τιμητικά τρεις βολές στον αέρα έξω από την κύρια είσοδο της Αρχιεπισκοπής.
Η μίτρα και ο σταυρός (αντίγραφα) του Αρχιεπισκόπου, τοποθετήθηκαν μαζί με το φέρετρο και το σκήνωμα, στο ειδικό μνήμα, το οποίο θα σκεπάσει μια μεγάλη πλάκα από μάρμαρο.
Από τη γιγαντοοθόνη έξω από τον καθεδρικό ναό, ο κόσμος παρακολουθούσε συγκινημένος την πομπή και την ταφή. Αρκετοί απλοί ιερείς όλων των θρησκευτικών ομάδων της Κύπρου, ήταν επίσης παρόντες.
Να σημειωθεί ότι η Ιερά Σύνοδος έχει αποφασίσει την τέλεση για 40 ημέρες καθημερινώς Θείας Λειτουργίας στον Καθεδρικό Ναό υπέρ της αναπαύσεως της ψυχής του Αρχιεπισκόπου ο οποίος εκοιμήθη στις 7 Νοεμβρίου.
Η επίσκεψη του Οικουμενικού Πατριάρχη Βαρθολομαίου στην Κύπρου για να προστεί στην κηδεία του Μακαριστού Αρχιεπισκόπου Χρυσοστόμου του Δεύτερου είναι η πρώτη επίσκεψη Οικουμενικού Πατριάρχη στο νησί από το 1635, όταν είχε επισκεφθεί την Κύπρο, ο Οικουμενικός Πατριάρχης Ιερεμίας ο Δεύτερος.
Ενδεικτική της σημασίας και βαρύτητας της προσωπικότητας του Μακαριστού Αρχιεπισκόπου η αναφορά του Οικουμενικού Πατριάρχη Βαρθολομαίου, ότι ήρθε στην Κύπρο για να αποχαιρετήσει ένα προσωπικό φίλο. Ενώ φανερά συγκινημένος εξήρε στον επικήδειο του, το έργο και την προσωπικότητα του Αρχιεπισκόπου Χρυσοστόμου
«Αποχαιρετούμε τον θρησκευτικό και πνευματικό Ηγέτη, του οποίου ανεξίτηλα θα παραμείνουν τα αποτυπώματα στη διαφύλαξη του Αυτοκέφαλου και αυτόνομου της Εκκλησίας της Κύπρου μέσα από τις θαρραλέες μεταρρυθμίσεις που επέφερε»
Αυτά ήταν μερικά από τα θερμά λόγια αποχαιρετισμού που έγραψε στο βιβλίο συλληπτήριων για το Μακαριστό Αρχιεπίσκοπο Χρυσόστομο το δεύτερο, ο πρόεδρος της Δημοκρατίας Νίκος Αναστασιάδης. Τον συνόδευαν τα μέλη του Υπουργικού Συμβουλίου και αξιωματούχοι της Προεδρίας.
Με στίχους του εθνικού ποιητή της Κύπρου, Βασίλη Μιχαηλίδη, αποχαιρέτησε τον Αρχιεπίσκοπο Χρυσόστομο το Δεύτερο η Πρόεδρος της Ελληνικής Δημοκρατίας, Κατερίνα Σακελλαροπούλου. Το ελληνικό κράτος εκπροσώπησε και η Υπουργός Παιδείας και Θρησκευμάτων, Νίκη Κεραμέως, με την αποστολή από την Ελλάδα να συμπληρώνει ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος, Ιερώνυμος.
Στο υψηλότερο επίπεδο Κύπρος, Ελλάδα και Ορθοδοξία αποχαιρέτησαν τον μακαριστό Αρχιεπίσκοπο Χρυσόστομο τον δεύτερο, αποτίοντας τις δέουσες τιμές, σε μια σημαντική μορφή για την Ορθοδοξία και την Εκκλησία της Κύπρου. Ιδιαίτερα συγκινητικές, ήταν οι συναντήσεις που είχε στο περιθώριο της εξοδίου ακολουθίας του Προκαθήμενου της Εκκλησίας της Κύπρου, ο Οικουμενικός Πατριάρχης με οικογένειες Ιμβρίων, τόπο καταγωγής του, καθώς και Τενέδιων, που ζούν μόνιμα στην Κύπρο.
