Κύρια αποστολή του είναι η αντιμετώπιση εξαιρετικά επικίνδυνων καταστάσεων, οι οποίες κατά κύριο λόγο περιέχουν το στοιχείο της ένοπλης καταστολής εγκληματικών ενεργειών όπως τρομοκρατικές ενέργειες, αεροπειρατείες - πλοιοπειρατείες, συλλήψεις, συνοδείες επικίνδυνων εγκληματιών, αντιμετώπιση καταστάσεων ομηρίας κλπ.
Το προσωπικό του ΕΑΟ αποτελείται από τα πλέον εκπαιδευμένα μέλη της μονάδας και η συμμετοχή τους στον ουλαμό είναι εθελοντική εάν και εφόσον περάσουν επιτυχώς το ειδικό σχολείο ένταξης τους στον Ε.Α.Ο.
Ως εκ της φύσεως των καθηκόντων του, ο Ουλαμός τροφοδοτείται με εξοπλισμό και μέσα τελευταίας τεχνολογίας για να μπορεί να ανταπεξέλθει της αποστολής του. Τα καθήκοντα του Ειδικού Αντιτρομοκρατικού Ουλαμού περιλαμβάνουν μεταξύ άλλων:
1. Αντιμετώπιση καταστάσεων ομηριών (σε κτίρια, αεροσκάφη, οχήματα).
2. Συλλήψεις υψηλού κινδύνου.
3. Συνοδείες Επισήμων Προσώπων υψηλού κινδύνου.
4. Αντιμετώπιση απειλών με όπλα μαζικής καταστροφής (χημικές - ραδιολογικές - βιολογικές).
5. Επιχειρήσεις εναντίον της Τρομοκρατίας και του Οργανωμένου Εγκλήματος σε συνεργασία με τις Αρχές Ασφαλείας.
