Ο Παναθηναϊκός θα αντιμετωπίσει στους «16» τον Ηρακλή Ψαχνών, ο ΠΑΟΚ κληρώθηκε με τον Ηρακλή, ενώ από τα υπόλοιπα παιχνίδια ξεχωρίζουν τα ζευγάρια Παναιτωλικός - Ατρόμητος και ΟΦΗ - ΑΕΛ Καλλονής.
Όπως προέκυψε από τις κληρώσεις των ζευγαριών για την 3η, 4η και 5η φάση του Κυπέλλου Ελλάδας 2013-2014, Ολυμπιακός και Παναθηναϊκός μπορούν να συναντηθούν μόνο στον τελικό.
Υπενθυμίζεται ότι και στις τρεις φάσεις οι αγώνες είναι διπλοί και μετράνε τα εκτός έδρας γκολ. Σε περίπτωση απόλυτης ισοπαλίας τότε διεξάγεται ημίωρη παράταση και εάν και τότε δεν υπάρχει νικητής διεξάγεται η διαδικασία των πέναλτι.
Οι πρώτοι αγώνες της φάσης των "16" θα διεξαχθούν στις 4-5 Δεκεμβρίου και 8-9 Ιανουαρίου, ενώ οι αγώνες ρεβάνς θα γίνουν στις 15-16 Ιανουαρίου και 22-23 Ιανουαρίου.
Αναλυτικά τα ζευγάρια της 3ης φάσης του Κυπέλλου:
Αιγινιακός - Πανιώνιος
Παναιτωλικός - Ατρόμητος
Ολυμπιακός - Αστέρας Τρίπολης
ΟΦΗ - ΑΕΛ Καλλονής
Ολυμπιακός Βόλου - Αστέρας Μαγούλας
Ηρακλής - ΠΑΟΚ
Απόλλων Σμύρνης - Νίκη Βόλου
Παναθηναϊκός - Ηρακλής Ψαχνών
Τα ζευγάρια της προημιτελικής φάσης (4ης) του Κυπέλλου:
(Νικητής 9) Ηρακλής ή ΠΑΟΚ - Απόλλων Σμύρνης ή Νίκη Βόλου
(Νικητής 10) ΟΦΗ ή Καλλονή - Αιγινιακός ή Πανιώνιος
(Νικητής 11) Ολυμπιακός ή Αστέρας Τρίπολης - Παναιτωλικός ή Ατρόμητος
(Νικητής 12) Παναθηναϊκός ή Ηρακλής Ψαχνών - Ολυμπιακός Βόλου ή Αστέρας Μαγούλας
Τα ζευγάρια της ημιτελικής, φάσης (5η)
(Νικητής 13) Νικητής 10 – Νικητής 12
(Νικητής 14) Νικητής 11 – Νικητής 9
Τελικός (26 Απριλίου στο ΟΑΚΑ)
Νικητής 14 - Νικητής 13
