Με 13 ομάδες από τη Super League και μόλις 3 από τη Football League να μπαίνουν στην κληρωτίδα, ήταν δεδομένο ότι θα προέκυπταν αμφίρροπα ζευγάρια, αλλά όχι το μεγάλο ντέρμπι, στην κλήρωση της φάσης των «16» για τη διοργάνωση του Κυπέλλου Ελλάδας.Οι ομάδες είχαν χωριστεί σε δύο ομίλους, οι ισχυροί και οι υπόλοιποι αναλόγως της θέσης που είχαν πάρει στη φάση των ομίλων.
Τα παιχνίδια σε αυτή τη φάση είναι πλέον διπλά με τις ρεβάνς να διεξάγονται στις έδρες των ομάδων που τοποθετήθηκαν στο γκρουπ των ισχυρών και αναφέρονται δεύτερες στα ζευγάρια.
Τα ζευγάρια αναλυτικά:
Εργοτέλης – Πανιώνιος
Πλατανιάς – Ατρόμητος
ΠΑΣ Γιάννινα – Παναθηναϊκός
Λεβαδειακός – ΑΕΚ
ΑΕΛ – Αστέρας Τρίπολης
Καλλονή – ΠΑΟΚ
Βέροια – Ηρακλής
Χανιά- Ολυμπιακός
